Durant l'hiver 1943-1944, dans la France occupée. Julien qui a 12 ans, fils d'une famille bourgeoise, est pensionnaire au petit collège Saint Jean de la Croix, tenu par les pères carmes. Il retrouve le chemin de l'école sans joie après les vacances de Noël, pour le deuxième trimestre. Une rentrée presque comme les autres jusqu'à ce que le père Jean vienne présenter trois nouveaux élèves. L'un d'entre eux, le jeune Jean Bonnet, est le voisin de dortoir de Julien.
Les deux élèves se jaugent, Julien est intrigué par Jean, garçon fier, mutique et mystérieux un temps rejeté par l'ensemble de la classe. Après s'être observés mutuellement, ils s'apprivoisent au jour le jour et un lien d'amitié se crée entre eux. Julien finit par comprendre le secret de son ami, son nom n'est pas Bonnet mais Kippelstein, il est juif.
Un froid matin de janvier, à la suite d'une dénonciation, la Gestapo fait irruption dans le collège. Le Père Jean, résistant clandestin, et les trois enfants juifs sont emmenés. Julien ne les reverra jamais plus. Les enfants sont déportés à Auschwitz et le Père Jean à Mauthausen.